Bordados sobre damasco burdeos y asta de metal plateado, 2001.
Talleres de Bordados La Trinidad bajo diseño de Fernando Prini Betés; asta de los talleres de Juan Borrero (Orfebrería Triana).
La Archicofradía vio admitido por el obispado de Málaga en el año 2001 el derecho a ostentar el título de pontificia en su denominación, ya que como hemos comentado anteriormente la Sacramental de San Juan fue fundada mediante bula del Papa en el siglo XV. Este título también le corresponde por el privilegio de quedar directamente agregada a la Archicofradía Sacramental de Santa María Supra Minerva de Roma en 1540, por mediación del malagueño Luis de Torres, Arzobispo de Palermo -su sepulcro se encuentra en la Catedral de Málaga, y ante el mismo la Archicofradía hace una ofrenda floral en cada estación de penitencia del Viernes Santo-. Al objeto de conmemorar el bicentenario de la unión entre la Archicofradía Sacramental y la Hermandad de penitencia de Nuestra Señora de los Dolores (que se produjo en 1801), esta insignia fue realizada y estrenada junto a la bandera pontificia.
El estandarte como tal es una réplica casi exacta de la insignia del mismo nombre que se utiliza en la Santa Sede, y en la que el escudo que centra la composición habitualmente corresponde al pontífice reinante. En el caso del estandarte del que hablamos, las armas representadas son las del Papa Juan Pablo II, bajo cuyo mandato se reconoció el derecho de uso del título. Posteriormente, la Archicofradía ha fijado esas armas como definitivas en el enser, a pesar de que inicialmente contemplaba la posibilidad de irlas sustituyendo por los sucesivos pontífices. Las estrellas de plata que tachonan el tejido en derredor del escudo fueron bordadas en número de catorce, a diferencia de las doce existentes en la insignia primigenia -representando a los apóstoles-, al objeto de hacer una singular diferenciación con el estandarte vaticano, y por razones compositivas de índole estética.
Resulta especialmente significativo que el medallón oval del estandarte represente el escudo de Juan Pablo II; precisamente, el simbolismo de su heráldica -fuera de toda tradición en cuanto a su diseño y composición- quiere ser un homenaje al misterio de la Redención, central en el Cristianismo y capital en la razón de ser de la Archicofradía que lo asume como advocación de la imagen cristífera titular. Sobre campo de azur, se presenta una cruz bordada en oro algo desplazada hacia la izquierda, dejando lugar a una M mayúscula grande y majestuosa que nos recuerda la presencia de María al pie de la cruz, y por tanto su excepcional papel en la redención como mediadora universal de toda gracia. Enmarcando el medallón, las clásicas llaves cruzadas y la tiara con tres coronas y dos ínfulas -símbolos incorporados también al escudo de la hermandad-. Cabe decir que el papa Benedicto XVI cambió durante su pontificado la costumbre de ostentar la tiara entre los atributos -símbolo que se venía representando en el escudo papal desde el siglo XII-, sustituyéndola por la mitra y el palio.