Pero conviene que nos centremos de nuevo en la historia específica de la Archicofradía Sacramental de la parroquia de San Juan de Málaga.
Ya en el siglo XVI, dicha Cofradía del Santísimo Sacramento de la parroquia de San Juan fue agregada como filial a la Archicofradía del Santísimo Sacramento de la Basílica romana de Santa María supra Minerva mediante la bula a ella específicamente concedida a tal efecto por S. S. el Papa Paulo III el primero de septiembre del año 1540. Ello fue posible merced a las gestiones realizadas por don Luis de Torres, malagueño de origen, arzobispo de Salerno y cofrade de la Sacramental malacitana de San Juan, cuyos restos descansan en la capilla de San Francisco de la Catedral malagueña. Todo lo cual así consta también en los encabezamientos de los sumarios de gracias e indulgencias publicados por el Obispado en los referidos años 1788, 1801 y 1832. A partir de tal agregación, la cofradía malacitana se convierte en Archicofradía, siendo mencionada en la diversa documentación indistintamente como Cofradía del Santísimo Sacramento y como Archicofradía Sacramental.
Es reseñable que la agregación de la Archicofradía Sacramental malacitana a la Archicofradía Sacramental romana en septiembre de 1540 tiene gran relevancia histórica, ya que la erección canónica de la citada Archicofradía de la Minerva tuvo lugar apenas nueve meses antes, concretamente el 30 de noviembre de 1539 y en virtud de la bula «Dominus Noster Iesus Christus» a tal fin otorgada por el mismo Pontífice, S. S. Paulo III.
Varios Sumos Pontífices han distinguido a la Archicofradía Sacramental de la parroquia de San Juan Bautista con numerosísimos privilegios. Así, según consta en el segundo sumario de gracias y privilegios datado en 1801, entre otros, han confirmado su agregación a la Archicofradía romana de la Minerva, mediante el otorgamiento de los oportunos breves pontificios, los papas Julio III en 1550, Paulo IV en 1555, Pío V en 1566, Gregorio XIII en 1572, Gregorio XIV en 1591, Inocencio X en 1652, Benedicto XIV en 1747 y Pío VII en 1800.
Ciertamente, el tercero de los tres breves pontificios otorgados por el Papa Pío VII, fechado en Roma el 19 de noviembre de 1800, confirma la agregación de la Archicofradía del Santísimo Sacramento de la parroquia de San Juan de Málaga a la Archicofradía Sacramental de la Minerva de Roma, e incluso añade que, si fuera preciso, concede de nuevo «perpetuamente» dicha agregación, al tiempo que, textualmente, concluye confirmando «todo lo que el Papa Benedicto XIV, de feliz memoria, en sus aludidas Letras Apostólicas pudo hacer constar a favor de la Hermandad del Santísimo Sacramento de la parroquia de San Juan de la ciudad de Málaga sin que nada obste en contrario».
La alusión a las Letras Apostólicas otorgadas a la Archicofradía por S. S. Benedicto XIV el primero de mayo de 1747, se refiere a la pérdida que de dicho documento había sufrido la Archicofradía en su archivo y la cual motivó la petición de las otorgadas por el Papa Pío VII.
La relevancia de este tercer breve pontificio de S. S. Pío VII es trascendental para la Archicofradía pues, en primer lugar, demuestra la exactitud documental del último sumario de gracias y privilegios de la Archicofradía publicado por el Obispado de Málaga el 23 de febrero de 1801; y en segundo lugar porque, dado el contenido textual del propio Breve Pontificio, dicha Letra Apostólica constituye un certificado de autenticidad absoluto e indudable respecto de la antigüedad y nobleza histórica de la Archicofradía Sacramental de la parroquia de San Juan Bautista de Málaga.
En función de toda la documentación expresada y relativa a su directa y plena agregación a la Archicofradía Sacramental romana, cuyas Letras Apostólicas obran en el Archivo corporativo, la Archicofradía vio reconocido su derecho al uso y disfrute del título de Pontificia mediante decreto del Obispado de Málaga fechado el día ocho de mayo de 2001, refrendado después en la consecuente reforma parcial de sus Estatutos, ratificada por el Obispado con fecha de 30 de julio del mismo año 2001, y debidamente anotado con fecha 24 de septiembre de 2001 en el Registro de Entidades Religiosas del Ministerio de Justicia, en el que, conforme a la vigente Legislación Civil y Eclesiástica, figura inscrita la Archicofradía con la signatura nº 2047-SE/C.